Skt. Jürgens Kirke blev bygget mellem 1904 og 1907 som en nygotisk murstensbygning efter tegninger af den preussiske bygningschef Oskar Hoßfeld under byggetilsyn af den Flensborg-baserede arkitekt Alexander Wilhelm Prale. I middelalderen havde der stået et hospital for spedalske og pestpatienter på dette sted. Navnet St. Jürgen er afledt af dette hospital, ligesom distriktsnavnet Jürgensby.

Et særligt træk ved denne kirke er placeringen af tårnet mod øst og koret i vest. Kirken danner en mindeværdig silhuet til byen beliggende i dalen ved fjorden med de to runde tårne, der flankerer koret og det slanke hovedtårn, der bestemmer billedet af fjordens østskråning.

Indvendigt spænder en sengotisk nethvælving over halbygningen. Møblerne er kendetegnet ved det nyrenæssanceindrettede interiør, der går tilbage til Flensborg-billedhuggeren og grundlæggeren af kunstindustrimuseet Heinrich Sauermann: Herunder galleriet på tre sider, alteret med Hans Peter Feddersen-maleriet „Den fortabte søns hjemkomst“ og dåben. Renæssanceprædikestolen af Flensborg-billedhuggeren Heinrich Ringeringk fra 1602 blev overtaget fra Helligåndskirken. Sognet fejrede sine gudstjenester der fra 1895 til opførelsen af denne kirke.

De moderne vinduer er designet af Ernst Günter Hansing i 1959. De erstatter de oprindelige vinduer, hvoraf de fleste blev ødelagt i juni 1945 af en ammunitionseksplosion i havneområdet nær Kielseng.

I kirken hænger to skibsmodeller skænket i 1904 og 1913. Traditionen med at donere et skib til kirken er tæt forbundet med livet på kysten og havet.

I 2014/15 måtte kirkens hvælving, som var blevet beskadiget af revner, renoveres grundigt. De ydre vægge blev afstivet med stænger af rustfrit stål. En stor del af udgifterne blev afholdt af „Förderverein zur Erhaltung der St.-Jürgen-Kirche Flensburg e.V.“.